马存保机构目前是由九名成员组成的董事会监管，并有来自公共领域和私人界的均衡性代表。董事会是负责马存保机构的业务与事务操行。随着赋予马存保机构的授权延伸，在马存保机构法令下，董事会成员将增至九名。

董事会是由非执行主席领导，其他代表包括两名当然成员，即马来西亚国家银行总裁及财政部秘书长、来自公共领域的一名董事以及来自私人界的三名董事，而其中一名拥有相关银行与金融界经验。主席及所有非当然成员由财政部长委任。